Laboratorio di Ricerca Industriale e Trasferimento Tecnologico accreditato dalla Regione Emilia Romagna (DGR 1213/2007) con Delibera n.GPG/2012/119 del 6 febbraio 2012.
Laboratorio di Ricerca Industriale e Trasferimento Tecnologico accreditato dalla Regione Emilia Romagna (DGR 1213/2007) con Delibera n.GPG/2012/119 del 6 febbraio 2012.
La microarray facility è un laboratorio certificato Agilent Technologies ed è classificato come Certified Service Provider (https://www.genomics.agilent.com).
Il DNA microarray rappresenta una piattaforma tecnologica in grado di rilevare e quantificare migliaia di sequenze nucleotidiche contemporaneamente.
La tecnologia, sviluppata nel campo della ricerca biomedica, è stata principalmente usata per esaminare l’espressione simultanea di migliaia di geni o per rilevare la presenza di sequenze genetiche di microorganismi patogeni (virus e batteri). Tuttavia può trovare applicazioni anche in altri campi come quello veterinario, agrario o del monitoraggio ambientale. L’approccio può essere utilizzato per l’individuazione di massa di microorganismi in acque e cibi. I servizi offerti dalla facility possono essere applicati in questi campi.
Un DNA microarray è composto da una griglia ordinata di sonde collegate ad un supporto, di pochi centimetri quadrati. Su questa superficie trovano posto migliaia o centinaia di migliaia di sonde, capaci di rilevare elementi genetici (DNA o RNA). Se una specifica sonda è presente nel microarray, l’elemento genetico può essere rilevato in base alla omologia di sequenza tra gli acidi nucleici.
La tecnologia dei microarray utilizza un approccio di ibridazione inversa: è l’acido nucleico (DNA o RNA) del campione che è marcato con un fluorocromo. Quindi, la miscela complessa di elementi genetici presenti un ogni campione può ibridarsi alla sonda specifica in base all’omologia della sequenza. Ogni sonda si ibridizza con l’elemento omologo tra le migliaia che sono presenti in ogni campione e ciò permette la quantificazione di ognuno.
Nei laboratori della facility sono disponibili le strumentazioni Agilent per analisi di microarray complete. Oltre ai microarray per campioni umani, è possibile analizzare mRNA, microRNAs e UCR di altre specie. Possono essere utilizzati tutti i microarray Agilent disponibili in commercio. Il personale della facility ha inoltre una pluriennale esperienza nell’ibridazione dei microarray e nell’analisi dei dati, come dimostrato dalle numerose pubblicazioni scientifiche nel settore.
In aggiunta, è possibile lo sviluppo microarray personalizzati. Tutti i microarray, inclusi quelli personalizzati, sono sviluppati con la tecnologia Agilent "ink-jet". I microarray non sono prodotti nella facility, ma direttamente da Agilent, il che garantisce la qualità e riproducibilità nel tempo dei microarray. Il cliente può scegliere di comprare direttamente da Agilent il microarray, se questo è già disponibile in commercio.
Offriamo un consulto gratuito pima dell'esperimento per assicurare un’indagine solida, scientificamente proficua e il più possibile economica. Diamo suggerimenti riguardo a domande sulla progettazione dell’esperimento.
La microarray facility fornisce analisi di espressione genica (mRNA, microRNA, regioni ultraconservate) basate su piattaforma Agilent.
Oltre ai diversi microarray già a disposizione, è possibile sviluppare microarray personalizzati per venire incontro alle necessità del cliente.
Lo staff ha una elevata esperienza sull’analisi del profilo di espressione dei microRNA, un’area di ricerca in rapida espansione, con numerose potenziali applicazioni.
La facility ha sviluppato un microarray innovativo per l’analisi di espressione delle regioni ultraconservate (UCR).
I servizi offerti comprendono l’analisi di RNA messaggero o microRNA o UCR in campioni biologici di varie specie di mammiferi o altre specie animali e vegetali.
Tra i servizi offerti, il cliente può ottenere: (1) dati grezzi di dati di microarray, pronti per successive analisi biostatistiche e bioinformatiche; (2) analisi biostatistiche e bioinformatiche per l’acquisizione dell’informazione legata alla significatività biologica, a partire da dati grezzi di microarray.
Nello specifico, i vari tipi di servizio sono:
High-Resolution Microarray Scanner
Lo scanner Agilent High-Resolution C permette di quantificare microarray ad alta densità (risoluzione di 2um). Ottimizzato attraverso la tecnologia Sure Scan High Resolution, il range dinamico è ora 20 volte maggiore rispetto ai principali scanner. Il processamento di dati continuo e l’autofocus dinamico (il primo nel suo genere) fornisce un aiuto per la chiarezza e la qualità della ricerca.
NanoDrop 1000 (Thermo Scientific)
Spettrofotometro a luce UV per la quantificazione di micro-volumi di acidi nucleici o proteine.
2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)
Piattaforma basata su una piastra microfluidica, permette l’analisi qualitativa e quantitativa di DNA/RNA, proteine e cellule con estrema rapidità.
GeneSpring GX
Il software GeneSpring (Agilent Technologies) fornisce uno strumento ideale la visualizzazione e le analisi di esperimenti di microarray. Costituisce un ambiente grafico ideale per la progettazione, l’analisi e la gestione delle applicazioni chiave per i microarray.
Software per l’estrazione di dati
Il software Agilent Feature Extraction legge e processa fino a 100 file immagine di microarray in modo automatico. Il software riconosce le griglie di posizionamento, classifica e seleziona i pixel outlayer, determina accuratamente le intensità e proporzioni delle features, segnala gli outlayers e calcola gli intervalli di confidenza.
Bioinformatica
Software open-source per l’analisi statistica e bioinformatica Vengono utilizzati utilizzati software open-source, quale: R, BRB Array tools, Cluster 3.0, Java Treeview, yEd graph Editor, Weka 3.6.3, BWA, Samtools, gAtk, GAMES.
Servizio di Microarray Facility
Laboratorio per le Tecnologie delle Terapie Avanzate (LTTA)
Area Polo Chimico Biomedico 'CUBO' – piano secondo
Via Fossato di Mortara, 70 - 44121 Ferrara
Prof. Massimo Negrini
ngm@unife.it
+39 0532 455399
Dr Cristian Bassi
bsscst@unife.it
+39 0532 455393
Dr Cristian Bassi
Dr Paola Guerriero
Dr Silvia Sabbioni
| Rigolin, G.M., E. Saccenti, A. Melandri, M. Cavallari, A. Urso, F. Rotondo, A. Betulla, L. Tognolo, M.A. Bardi, M. Rossini, E. Tammiso, C. Bassi, F. Cavazzini, M. Negrini, and A. Cuneo, In chronic lymphocytic leukaemia, SLAMF1 deregulation is associated with genomic complexity and independently predicts a worse outcome. Br J Haematol, 2020. DOI: 10.1111/bjh.16865. PubMed |
| Roncarati, R., L. Lupini, E. Miotto, E. Saccenti, S. Mascetti, L. Morandi, C. Bassi, D. Rasio, E. Callegari, V. Conti, R. Rinaldi, G. Lanza, R. Gafa, A. Papi, A. Frassoldati, S. Sabbioni, F. Ravenna, G.L. Casoni, and M. Negrini, Molecular testing on bronchial washings for the diagnosis and predictive assessment of lung cancer. Mol Oncol, 2020. 14(9): p. 2163-2175. DOI: 10.1002/1878-0261.12713. PubMed |
| Mensa, E., M. Guescini, A. Giuliani, M.G. Bacalini, D. Ramini, G. Corleone, M. Ferracin, G. Fulgenzi, L. Graciotti, F. Prattichizzo, L. Sorci, M. Battistelli, V. Monsurro, A.R. Bonfigli, M. Cardelli, R. Recchioni, F. Marcheselli, S. Latini, S. Maggio, M. Fanelli, S. Amatori, G. Storci, A. Ceriello, V. Stocchi, M. De Luca, L. Magnani, M.R. Rippo, A.D. Procopio, C. Sala, I. Budimir, C. Bassi, M. Negrini, P. Garagnani, C. Franceschi, J. Sabbatinelli, M. Bonafe, and F. Olivieri, Small extracellular vesicles deliver miR-21 and miR-217 as pro-senescence effectors to endothelial cells. J Extracell Vesicles, 2020. 9(1): p. 1725285. DOI: 10.1080/20013078.2020.1725285. PubMed |
| Gramantieri, L., D. Pollutri, M. Gagliardi, C. Giovannini, S. Quarta, M. Ferracin, A. Casadei-Gardini, E. Callegari, S. De Carolis, S. Marinelli, F. Benevento, F. Vasuri, M. Ravaioli, M. Cescon, F. Piscaglia, M. Negrini, L. Bolondi, and F. Fornari, MiR-30e-3p Influences Tumor Phenotype through MDM2/TP53 Axis and Predicts Sorafenib Resistance in Hepatocellular Carcinoma. Cancer Res, 2020. 80(8): p. 1720-1734. DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-19-0472. PubMed |
| Fornari, F., L. Gramantieri, E. Callegari, R.C. Shankaraiah, F. Piscaglia, M. Negrini, and C. Giovannini, MicroRNAs in Animal Models of HCC. Cancers (Basel), 2019. 11(12). DOI: 10.3390/cancers11121906. PubMed |
| Cinausero, M., N. Laprovitera, G. De Maglio, L. Gerratana, M. Riefolo, M. Macerelli, M. Fiorentino, E. Porcellini, V. Buoro, F. Gelsomino, A. Squadrilli, G. Fasola, M. Negrini, M. Tiseo, M. Ferracin, and A. Ardizzoni, KRAS and ERBB-family genetic alterations affect response to PD-1 inhibitors in metastatic nonsquamous NSCLC. Ther Adv Med Oncol, 2019. 11: p. 1758835919885540. DOI: 10.1177/1758835919885540. PubMed |
| Ramassone, A., A. D'Argenio, A. Veronese, A. Basti, S.H.A. Soliman, S. Volinia, C. Bassi, S. Pagotto, M. Ferracin, L. Lupini, E. Saccenti, V. Balatti, F. Pepe, L.Z. Rassenti, I. Innocenti, F. Autore, L. Marzetti, R. Mariani-Costantini, T.J. Kipps, M. Negrini, L. Laurenti, and R. Visone, Genetic dynamics in untreated CLL patients with either stable or progressive disease: a longitudinal study. J Hematol Oncol, 2019. 12(1): p. 114. DOI: 10.1186/s13045-019-0802-x. PubMed |
| Shankaraiah, R.C., L. Gramantieri, F. Fornari, S. Sabbioni, E. Callegari, and M. Negrini, Animal Models of Hepatocellular Carcinoma Prevention. Cancers (Basel), 2019. 11(11). DOI: 10.3390/cancers11111792. PubMed |
| Roncarati, R., L. Lupini, R.C. Shankaraiah, and M. Negrini, The Importance of microRNAs in RAS Oncogenic Activation in Human Cancer. Front Oncol, 2019. 9: p. 988. DOI: 10.3389/fonc.2019.00988. PubMed |
| Quaglia, F.M., G.M. Rigolin, E. Saccenti, M. Negrini, E. Volta, M. Dabusti, M. Ciccone, A. Urso, M. Laudisi, and A. Cuneo, Response to Ibrutinib of a Refractory IgA Lymphoplasmacytic Lymphoma Carrying the MYD88 L265P Gene Mutation. Mediterr J Hematol Infect Dis, 2019. 11(1): p. e2019057. DOI: 10.4084/MJHID.2019.057. PubMed |
Servizio centralizzato di analisi del trascrittoma di campioni biologici mediante l’impiego di microarray basati su piattaforma Agilent e analisi bioinformatiche
Presso LTTA sono attivi un servizio di analisi del trascrittoma mediante microarray (piattaforma Agilent) e un servizio di analisi bioinformatiche.
Il servizio consente di evidenziare i livelli di espressione di RNA messaggeri o microRNA o regioni ultraconservate (UCR) in campioni biologici di varie specie.
Da questo servizio, l’utente potrà ottenere (1) la quantificazione dell’espressione dei geni presenti nel genoma esaminato sottoforma di dati grezzi (“raw data”), pronti per essere analizzati mediante approcci bioinformatici; (2) analisi bioinformatiche per ottenere informazioni di significato biologico dei dati di microarray; (3) analisi bioinformatiche di dati di espressione genica, sequenziamento di ultima generazione, CGH, SNP, CNV forniti dall’utente.
Le diverse tipologie di servizio ed i relativi costi sono descritti nelle pagine seguenti.
1. Quantificazione mediante microarray dell’espressione dei geni presenti nel genoma saggiato
Il Servizio offre:
| Codice | Tipologia di servizio | Costo per campione (€) |
| ANALISI COMPLETA | ||
| B1001 | Gene Expression Analysis (a 1 colore) per l’intero genoma su piattaforma microarray Agilent (genoma umano, murino e di ratto; per altre specie consultare il Servizio) Il servizio completo include: (i) analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (ii) marcatura campione di RNA mediante sonda fluorescente (iii) ibridizzazione del campione marcato al chip (iv) scannerizzazione chip ed acquisizione dati (v) invio dati grezzi (“raw data”) su supporto informatico (downloading via web o DVD) (vi) descrizione della procedura ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche Il servizio completo non include: (i) analisi dati (ii) sottomissione dati a database pubblici Sono richiesti all’utente: 2 ug RNA a concentrazione non inferiore a 200 ng/ul (Purificazione mediante Trizol Invitrogen produce RNA di qualità adeguata per svolgere le indagini) |
538.50 |
| B1002 | Gene Expression Analysis su microarray fornito dall’utente (NOTA: E’ NECESSARIO CONTATTARE IL SERVIZIO PREVENTIVAMENTE PER VERIFICARE LA POSSIBILITA’ DI IMPIEGO DI MICROCHIPS PRODOTTI DA COMPAGNIA DIVERSA DA AGILENT!!!) Ad eccezione della fornitura del vetrino contenente l’array, il servizio include tutte le fasi descritte precedentemente (Tipologia 1a). Cioè: (i) analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (ii) marcatura campione di RNA mediante sonda fluorescente (iii) ibridizzazione del campione marcato al chip (iv) scannerizzazione chip ed acquisizione dati (v) invio dati grezzi (“raw data”) su supporto informatico (downloading via web o DVD) (vi) descrizione della procedura ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche Il servizio non include: (i) analisi bioinformatiche dei dati (ii) sottomissione dati a database pubblici Sono richiesti all’utente: il vetrino contenente l’array corredato di file adatto per il riconoscimento dei campioni sulla griglia (ad es. GAL file) e 2 ug RNA alla concentrazione di 200 ng/ul (Purificazione mediante Trizol Invitrogen produce RNA di qualità adeguata per svolgere le indagini) |
323.10 |
Altri servizi:
| Codice | ANALISI PARZIALI | Costo per campione (€) |
| B1011 | Analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (multipli di 12 campioni) | 32.30 (per 1-12 campioni) |
| B1021 | Scannerizzazione chip ed acquisizione dati (l’utente fornisce il vetrino ibridizzato da scannerizzare) | 21.10 |
| B1031 | Conservazione dati (immagini e quantificazioni) per 1 anno in hard drive dedicato. NOTA: i dati sono conservati nel computer del Servizio per 1 mese. Oltre questo tempo, i dati vengono eliminati per recuperare spazio nell’hard disk. |
5.40 |
2. Analisi bioinformatiche di microarray Agilent
In aggiunta al servizio indicato sopra, è possibile ottenere supporto per l’analisi dei dati.
| Codice | DESCRIZIONE | Costo (€) |
| Consulenza preliminare per setting del disegno sperimentale nel corso della quale si potrà determinare una stima del costo complessivo delle analisi richieste | Nessun costo | |
| B2001 | Set-up dell’esperimento: inserimento dati per analisi dati mediante software Genespring (analisi trascrittomiche) | 5.40/campione |
| B2002 | Analisi dati per l’identificazione di geni differenzialmente espressi tra due classi (ad esempio: campioni trattati vs. non trattati, oppure cancro vs. normale). Il servizio include:
|
161.60 |
| B2003 | Analisi personalizzate da concordare. Questa tipologia di servizio richiede il contributo attivo dell’utente sulle ipotesi del lavoro in modo da definire il tipo di analisi da effettuare. Ad esempio:
|
86.10/ora |
3. Analisi bioinformatiche
| Codice | ANALISI BIOINFORMATICHE | Costo (€) |
| B3001 | Analisi base esperimenti microarray: si definisce esperimento l'insieme dei dati corrispondenti ognuno ad un campione biologico. DAMA eseguirà una analisi completa di un esperimento a 2-classi (ad esempio, campioni patologici e campioni sani), incluso i controlli di qualità. L'utente riceverà i risultati delle elaborazioni, comprendenti una lista dei geni e dei valori significativi. NOTA: L'analisi sarà compiuta solo quando i dati relativi a tutti i campioni dell'esperimento saranno stati forniti. | 340.50 |
| B3002 | Analisi base estesa: per includere i dati di campioni aggiuntivi ed estendere l'esperimento a 2 classi, di cui riferito al punto BIO3001. | 170.30 |
| B3003 | Analisi multivariata: l'analista del DAMA fornirà una analisi in profondità di un esperimento a 2 o più classi (per esempio, Clusterizzazione, Scaling Multidimensionale, Ontologia Genica, Predittività, Mappaggio Cromosomico, Meta analisi confrontando diversi esperimenti, scansioni temporali, ecc.). | 79.50/ora |
| B3004 | Banca dati MIAME: Sottomissione esperimenti in Banca Dati (ArrayExpress o GEO). | 33.30 |
| B3005 | Supporto alla pubblicazione: Elaborazione grafica dei risultati, sottomissione a banche dati pubbliche (EBI e NCBI), pubblicazione on line dei dati supplementari, ecc. | 90.80/ora |
Alcune prestazioni/prodotti offerti possono usufruire della collaborazione/integrazione con altri servizi del Laboratorio LTTA.
Ciascun servizio include la descrizione della procedura e la fornitura di immagini ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche.
I prezzi sono da intendere senza IVA e soggetti ad aggiornamento in base alle tariffe dei prodotti di consumo necessari per la prestazione (ogni 12 mesi).
Offriamo analisi statistica e bioinformatica su dati grezzi e analisi funzionali a valle che includono l’identificazione dei geni significativi, la classificazione dei campioni, l’analisi sulle funzioni svolte dai geni. Consideriamo dati sia prodotti dalla nostra che da altre piattaforme; offriamo assistenza per la pubblicazione e la deposizione in banche dati pubbliche (GEO ed ARRAYEXPRESS).
Il servizio offre anche analisi di dati derivati dal sequenziamento. I dati sono processati e i risultati sono forniti sotto forma di ipertesti, figure, tabelle o reti.
Vengono utilizzati software open-source, quali: PYTHON, R, BRB-Array tools, Cluster 3.0, Java Treeview, yEd graph Editor, Weka 3.6.3, BWA, Samtools, gAtk, GAMES, ed altri continuamente aggiornati. Sito internet consultabile a: http://aqua.unife.it.
La nostra missione è fornire la possibilità ai ricercatori/clienti di estrarre la maggior quantità possibile di informazioni dai propri esperimenti. Inoltre miriamo a collaborare con i ricercatori per ottimizzare la progettazione dell’esperimento, punto d’inizio essenziale, troppo spesso trascurato.
Processamento di dati genomici ad alta processività: Next generation sequencing (Illumina, Ion-torrent, SOLiD), Microarray/RT PCR, SNP chips, eccetera.
Automazione di procedure bioinformatiche personalizzate.
Software open-source per l’analisi statistica e bioinformatica.
Vengono utilizzati software open-source, quali: PYTHON, R, BRB-Array tools, Cluster 3.0, Java Treeview, yEd graph Editor, Weka 3.6.3, BWA, Samtools, gAtk, GAMES ed altri continuamente aggiornati.
Servizio di Bioinformatica
Laboratorio per le Tecnologie delle Terapie Avanzate (LTTA)
Area Polo Chimico Biomedico 'CUBO' – piano terzo
Via Fossato di Mortara, 70 - 44121 Ferrara
Prof. Stefano Volinia
stefano.volinia@unife.it
+39 0532 455714
Dr Marco Galasso (Ph.D.)
marco.galasso@unife.it
+39 0532 455851
Dr Marco Galasso
Dr Maurizio Previati
| Papaioannou D, Volinia S, Nicolet D, Świerniak M, Petri A, Mrózek K, Bill M, Pepe F, Walker CJ, Walker AE, Carroll AJ, Kohlschmidt J, Eisfeld AK, Powell BL, Uy GL, Kolitz JE, Wang ES, Kauppinen S, Dorrance A, Stone RM, Byrd JC, Bloomfield CD, Garzon R. Clinical and functional significance of circular RNAs in cytogenetically normal AML. Blood Adv. 2020 Jan 28;4(2):239-251. doi:10.1182/bloodadvances.2019000568. PubMed |
| Crudele F, Bianchi N, Reali E, Galasso M, Agnoletto C, Volinia S. The network of non-coding RNAs and their molecular targets in breast cancer. Mol Cancer. 2020 Mar 18;19(1):61. doi: 10.1186/s12943-020-01181-x. PubMed |
| Agnoletto C, Corrà F, Minotti L, Baldassari F, Crudele F, Cook WJJ, Di Leva G, d'Adamo AP, Gasparini P, Volinia S. Heterogeneity in Circulating Tumor Cells: The Relevance of the Stem-Cell Subset. Cancers (Basel). 2019 Apr5;11(4):483.doi:10.3390/cancers11040483. PubMed |
| Galasso M, Morrison C, Minotti L, Corrà F, Zerbinati C, Agnoletto C, Baldassari F, Fassan M, Bartolazzi A, Vecchione A, Nuovo GJ, Di Leva G, D'Atri S, Alvino E, Previati M, Nickoloff BJ, Croce CM, Volinia S. Loss of miR-204 expression is a key event in melanoma. Mol Cancer. 2018 Mar 9;17(1):71. doi:10.1186/s12943-018-0819-8. PubMed |
| Baldassari F, Zerbinati C, Galasso M, Corrà F, Minotti L, Agnoletto C, Previati M, Croce CM, Volinia S. Screen for MicroRNA and Drug Interactions in Breast Cancer Cell Lines Points to miR-126 as a Modulator of CDK4/6 and PIK3CA Inhibitors. Front Genet. 2018 May 18;9:174.doi:10.3389/fgene.2018.00174. eCollection 2018. PubMed |
| Volinia S, Druck T, Paisie CA, Schrock MS, Huebner K. The ubiquitous 'cancer mutational signature' 5 occurs specifically in cancers with deleted FHIT alleles. Oncotarget. 2017 Nov 6;8(60):102199-102211. doi: 10.18632/oncotarget.22321. eCollection 2017 Nov 24.PMID: 29254236 |
| Galasso M, Costantino G, Pasquali L, Minotti L, Baldassari F, Corrà F, Agnoletto C, Volinia S. Profiling of the Predicted Circular RNAs in Ductal In Situ and Invasive Breast Cancer: A Pilot Study. Int J Genomics. 2016;2016:4503840. doi: 10.1155/2016/4503840. Epub 2016 Nov 14. PubMed |
| Garzon R, Volinia S, Papaioannou D, Nicolet D, Kohlschmidt J, Yan PS, Mrózek K, Bucci D, Carroll AJ, Baer MR, Wetzler M, Carter TH, Powell BL, Kolitz JE, Moore JO, Eisfeld AK, Blachly JS, Blum W, Caligiuri MA, Stone RM, Marcucci G, Croce CM, Byrd JC, Bloomfield CD. Expression and prognostic impact of lncRNAs in acute myeloid leukemia. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Dec 30;111(52):18679-84.doi: 10.1073/pnas.1422050112. Epub 2014 Dec 15. PubMed |
| Volinia S, Nuovo G, Drusco A, Costinean S, Abujarour R, Desponts C, Garofalo M, Baffa R, Aeqilan R, Maharry K, Sana ME, Di Leva G, Gasparini P, Dama P, Marchesini J, Galasso M, Manfrini M, Zerbinati C, Corrà F, Wise T, Wojcik SE, Previati M, Pichiorri F, Zanesi N, Alder H, Palatini J, Huebner KF, Shapiro CL, Negrini M, Vecchione A, Rosenberg AL, Croce CM, Garzon R. Pluripotent stem cell miRNAs and metastasis in invasive breast cancer. J Natl Cancer Inst. 2014 Oct 11;106(12):dju324. doi: 10.1093/jnci/dju324. Print 2014 Dec. PubMed |
| Previati M, Manfrini M, Galasso M, Zerbinati C, Palatini J, Gasparini P, Volinia S. Next generation analysis of breast cancer genomes for precision medicine. Cancer Lett. 2013 Oct 1;339(1):1-7. doi: 10.1016/j.canlet.2013.07.018. Epub 2013 Jul 20. PubMed |
Il servizio collabora con il dipartimento di Matematica per lo sviluppo di software per l’analisi di dati.
Servizio centralizzato di analisi del trascrittoma di campioni biologici mediante l’impiego di microarray basati su piattaforma Agilent e analisi bioinformatiche
Presso LTTA sono attivi un servizio di analisi del trascrittoma mediante microarray (piattaforma Agilent) e un servizio di analisi bioinformatiche.
Il servizio consente di evidenziare i livelli di espressione di RNA messaggeri o microRNA o regioni ultraconservate (UCR) in campioni biologici di varie specie.
Da questo servizio, l’utente potrà ottenere (1) la quantificazione dell’espressione dei geni presenti nel genoma esaminato sottoforma di dati grezzi (“raw data”), pronti per essere analizzati mediante approcci bioinformatici; (2) analisi bioinformatiche per ottenere informazioni di significato biologico dei dati di microarray; (3) analisi bioinformatiche di dati di espressione genica, sequenziamento di ultima generazione, CGH, SNP, CNV forniti dall’utente.
Le diverse tipologie di servizio ed i relativi costi sono descritti nelle pagine seguenti.
1. Quantificazione mediante microarray dell’espressione dei geni presenti nel genoma saggiato
Il Servizio offre:
| Codice | Tipologia di servizio | Costo per campione (€) |
| ANALISI COMPLETA | ||
| B1001 | Gene Expression Analysis (a 1 colore) per l’intero genoma su piattaforma microarray Agilent (genoma umano, murino e di ratto; per altre specie consultare il Servizio) Il servizio completo include: (i) analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (ii) marcatura campione di RNA mediante sonda fluorescente (iii) ibridizzazione del campione marcato al chip (iv) scannerizzazione chip ed acquisizione dati (v) invio dati grezzi (“raw data”) su supporto informatico (downloading via web o DVD) (vi) descrizione della procedura ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche Il servizio completo non include: (i) analisi dati (ii) sottomissione dati a database pubblici Sono richiesti all’utente: 2 ug RNA a concentrazione non inferiore a 200 ng/ul (Purificazione mediante Trizol Invitrogen produce RNA di qualità adeguata per svolgere le indagini) |
538.50 |
| B1002 | Gene Expression Analysis su microarray fornito dall’utente (NOTA: E’ NECESSARIO CONTATTARE IL SERVIZIO PREVENTIVAMENTE PER VERIFICARE LA POSSIBILITA’ DI IMPIEGO DI MICROCHIPS PRODOTTI DA COMPAGNIA DIVERSA DA AGILENT!!!) Ad eccezione della fornitura del vetrino contenente l’array, il servizio include tutte le fasi descritte precedentemente (Tipologia 1a). Cioè: (i) analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (ii) marcatura campione di RNA mediante sonda fluorescente (iii) ibridizzazione del campione marcato al chip (iv) scannerizzazione chip ed acquisizione dati (v) invio dati grezzi (“raw data”) su supporto informatico (downloading via web o DVD) (vi) descrizione della procedura ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche Il servizio non include: (i) analisi bioinformatiche dei dati (ii) sottomissione dati a database pubblici Sono richiesti all’utente: il vetrino contenente l’array corredato di file adatto per il riconoscimento dei campioni sulla griglia (ad es. GAL file) e 2 ug RNA alla concentrazione di 200 ng/ul (Purificazione mediante Trizol Invitrogen produce RNA di qualità adeguata per svolgere le indagini) |
323.10 |
Altri servizi:
| Codice | ANALISI PARZIALI | Costo per campione (€) |
| B1011 | Analisi qualitativa e quantitativa RNA mediante Bioanalyzer (multipli di 12 campioni) | 32.30 (per 1-12 campioni) |
| B1021 | Scannerizzazione chip ed acquisizione dati (l’utente fornisce il vetrino ibridizzato da scannerizzare) | 21.10 |
| B1031 | Conservazione dati (immagini e quantificazioni) per 1 anno in hard drive dedicato. NOTA: i dati sono conservati nel computer del Servizio per 1 mese. Oltre questo tempo, i dati vengono eliminati per recuperare spazio nell’hard disk. |
5.40 |
2. Analisi bioinformatiche di microarray Agilent
In aggiunta al servizio indicato sopra, è possibile ottenere supporto per l’analisi dei dati.
| Codice | DESCRIZIONE | Costo (€) |
| Consulenza preliminare per setting del disegno sperimentale nel corso della quale si potrà determinare una stima del costo complessivo delle analisi richieste | Nessun costo | |
| B2001 | Set-up dell’esperimento: inserimento dati per analisi dati mediante software Genespring (analisi trascrittomiche) | 5.40/campione |
| B2002 | Analisi dati per l’identificazione di geni differenzialmente espressi tra due classi (ad esempio: campioni trattati vs. non trattati, oppure cancro vs. normale). Il servizio include:
|
161.60 |
| B2003 | Analisi personalizzate da concordare. Questa tipologia di servizio richiede il contributo attivo dell’utente sulle ipotesi del lavoro in modo da definire il tipo di analisi da effettuare. Ad esempio:
|
86.10/ora |
3. Analisi bioinformatiche
| Codice | ANALISI BIOINFORMATICHE | Costo (€) |
| B3001 | Analisi base esperimenti microarray: si definisce esperimento l'insieme dei dati corrispondenti ognuno ad un campione biologico. DAMA eseguirà una analisi completa di un esperimento a 2-classi (ad esempio, campioni patologici e campioni sani), incluso i controlli di qualità. L'utente riceverà i risultati delle elaborazioni, comprendenti una lista dei geni e dei valori significativi. NOTA: L'analisi sarà compiuta solo quando i dati relativi a tutti i campioni dell'esperimento saranno stati forniti. | 340.50 |
| B3002 | Analisi base estesa: per includere i dati di campioni aggiuntivi ed estendere l'esperimento a 2 classi, di cui riferito al punto BIO3001. | 170.30 |
| B3003 | Analisi multivariata: l'analista del DAMA fornirà una analisi in profondità di un esperimento a 2 o più classi (per esempio, Clusterizzazione, Scaling Multidimensionale, Ontologia Genica, Predittività, Mappaggio Cromosomico, Meta analisi confrontando diversi esperimenti, scansioni temporali, ecc.). | 79.50/ora |
| B3004 | Banca dati MIAME: Sottomissione esperimenti in Banca Dati (ArrayExpress o GEO). | 33.30 |
| B3005 | Supporto alla pubblicazione: Elaborazione grafica dei risultati, sottomissione a banche dati pubbliche (EBI e NCBI), pubblicazione on line dei dati supplementari, ecc. | 90.80/ora |
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Ciascun servizio include la descrizione della procedura e la fornitura di immagini ai fini di eventuali pubblicazioni scientifiche.
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